Raste izključno po barjih in močvirjih, zato je redka in zelo občutljiva orhideja. Vsaka sprememba njenega habitata lahko povzroči njeno izumrtje.

Zamenjamo jo lahko z mesnordečo in majsko prstasto kukavico, ki rasteta na enakih rastiščih.

V Beli krajini je veljalo, da raste močvirska kukavica zgolj v Nerajskih lugih. Popisovanja so pokazala, da je dokaj pogosta tudi na nizkem barju v okolici vasi Golek in Zorenci, ki prav tako kot Nerajski lugi ležita v zgornjem toku reke Lahinje.

V zadnjih letih je opaziti vse večjo intenzifikacijo (gnojenje in večkratna košnje) vlažnih travnikov v okolici vasi Golek. To je povzročilo spremembo vrstne sestave in posledično močno zmanjšanje razširjenosti močvirske kukavice. Ohranila se je samo še na obrobnih vlažnih travnikih, ki se trenutno še vedno ekstenzivno obdelujejo.

Popolnoma drugačen primer je v okolici Zorenc, kjer se vlažni travniki intenzivno zaraščajo, ker so zaradi svoje odmaknjenosti težje dostopni za težjo kmetijsko mehanizacijo.