Vrsta je obravnavana kot podvrsta ozkoustne močvirnice, kar je zaradi njune podobnosti tudi razumljivo. V Nemčiji jo od leta 1996 smatrajo kot samostojno vrsto.

Razlikovanje obeh taksonov je izredno problematično, ker je ozkoustna močvirnica zelo variabilna. Kljub vsemu pa ima prezrta močvirnica cvetove bolj rdečkaste. Glavna razlika pa je v prehodu sprednjega in zadnjega dela medene ustne, ki je pri prezrti bolj ožji. Prezrta močvirnica ima značilno v eno stran podvit prednji del medene ustne. Vrsta je podobna križancem med ozkoustno in širokolistno močvirnico, ki sploh niso tako redki. (za ostale razlike glej ozkoustno močvirnico)

Podobno kot ozkoustna močvirnica je v Beli krajini in tudi v Sloveniji redka vrsta, ki je bila v Beli krajini najdena samo v okolici Mirne gore. To rastišče je zanimivo tudi zaradi drugih najdenih vrst: ozkolistna, širokolistna in temnordeča močvirnica.